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La haute rivière d’Ain est le berceau de la pêche à la mouche en France. Cette rivière d’une clarté unique prend sa source dans le massif du Jura à proximité de la ville de Champagnole. Elle est mondialement connue pour ses truites zébrées de souche méditerranéenne dont la beauté n’a d’égal que la ruse. La diversité entomologique de cette résurgence karstique a permis à cette technique de pêche se développer, grâce notamment à des pêcheurs et monteurs d’exception.
Le plus grand pêcheur de l’époque était sans contestation possible Maurice Simonet, sabotier à Ney dans le Jura, qui exerça son art sur cette rivière mythique. En 1945, à l’approche de la cinquantaine, après 40 ans d’exercice de la pêche, il estimait avoir pris dans l’Ain 100.000 poissons, dont 2/3 de truites et 1/3 ombres. Il fut le maître d’Aimé Devaux dont le nom est encore associé à la célèbre enseigne de pêche à la mouche des « Mouches Devaux », née en 1950 à Champagnole. Ce grand passionné de pêche et excellent monteur de mouches artificielles est à l'origine du "montage avancé", un montage ingénieux qu'il a pu faire breveter. Son entreprise a compté jusqu’à une dizaine de monteuses formées à son école. André Terrier, autre grand nom de la pêche à la mouche de ce territoire emblématique, a continué à faire évoluer cette technique au travers notamment de ses séries de nymphes et d’émergentes, les mouches ATT (André Terrier Truite), ATE (André Terrier Emergente) et ATO (André Terrier Ombre), commercialisées par la maison Devaux. Outre son engagement à la Fédération française de pêche à la mouche, il a animé pendant de nombreuses années l’émission phare « Destination Pêche » sur France 3. Aujourd’hui, c’est Nicolas Germain, fils spirituel d’André Terrier et président de l’association de pêche de Crotenay qui continue à faire perdurer cette tradition.
L'homme a depuis longtemps cherché à se débarrasser de l'eau des zones humides pour les "assainir" ou tenter de gagner de la surface de terres agricoles. Les marais et tourbières du Haut-Doubs et du Haut-Jura n'ont pas été épargnés. La prise de conscience de l'importance du fonctionnement naturel de ces zones humides a été tardive, aussi bien du point de vue de leur richesse écologique que pour le rôle qu'elles jouent dans le fonctionnement hydrologique des rivières.
Heureusement, des travaux de restauration de ces milieux ont débuté à la fin des années 90 sur 2 secteurs du Haut-Doubs. Dans le Haut-Jura limitrophe, d’importants travaux ont été réalisés sur la rivière Lemme en 2012 et 2014 à proximité de la commune de Saint-Laurent-en-Grandvaux sous la maitrise d’ouvrage du Parc Naturel Régional du Haut-Jura. Ces projets ont été les plus importants travaux de reméandrage de cours d’eau de ces dernières années en Europe.
Au total, sur les différents sites du Jura, ce sont 130 hectares de zones humides restaurés, 7,5 km de cours d’eau reméandrés, 6 km de fossés comblés et 5 seuils effacés.